سید مرتضی جزایری از معدود آخوندهایی بود که با حکومت ولایت فقیه همراه نشد. او در قبل از انقلاب یکی از مدیران ماهنامه مکتب اسلام بود. بعد از انقلاب کاملا منزوی شد و گاه گاهی در بین افراد مورد اطمینان خود سخنرانی میکرد. او در سال 1387 در بیمارستان درگذشت.
